Die Schulgemeinde Untereggen führt eine Primarschule (1. bis 6. Klasse) und einen Kindergarten.
Die Schülerinnen und Schüler besuchen die Oberstufe (Sekundar- oder Realschule, Untergymnasium, anerkannte Privatschule) in der Regel in St. Gallen oder Goldach (Wahlmöglichkeit).
Seit 1995 wird in Untereggen nach der integrativen Schulungsform unterrichtet. Mit der Unterstützung von schulischen Heilpädagogen wird erreicht, dass möglichst viele Kinder den Unterricht in Untereggen (und nicht in auswärtigen Sonderschulen) besuchen können.
Ein besonderes Augenmerk gilt in Untereggen dem Begabungsförderungsunterricht. Vom grossen Kindergarten bis zur 6. Klasse sind dafür im Stundenplan zwei Lektionen vorgesehen. Unterrichtet wird mit Elementen des Schulischen Enrichment Modells (SEM), vorgegangen nach dem 7-Schritte-Modell .
